【应用】 Coriolis µ收集、提取空气中TNA

研究方法

1.使用Coriolis μ以300L/min的空气流量，收集液采用PBS或VTM，体积为15ml，采样持续10分钟。
2.将每个样本1.2ml无核酸酶水预热至60°C，持续2-5分钟，用于PureYield™结合柱的洗脱。
3.将收集的液体转移到50ml Falcon管中。大约提取了10ml样本（对于其他样本体积，相应地调整蛋白酶溶液、结合缓冲液和异丙醇的体积）。
4.根据表1添加适当体积的蛋白酶溶液。
5.充分混合后，室温下孵育30分钟。
7.添加适量的异丙醇，充分混合。
8.按照Maxwell® RSC环境总核酸试剂盒技术手册（TM663）第4A节“提取和纯化”步骤，继续进行操作。

研究结果

Maxwell® RSC环境总核酸试剂盒与Maxwell® RSC仪器成功用于从通过Coriolis μ采集的PBS或VTM空气样本中纯化可扩增的病毒RNA，这些样本中加入了灭活的流感B型病毒（FluB）和SARS-CoV-2（图1）。
RT-qPCR检测通过Coriolis μ采集的PBS或VTM空气样本中的SARS-CoV-2（SC2）和流感B型病毒RNA。空气样本使用Coriolis μ在PBS（点）或VTM（方）中收集，并加入灭活病毒，使用高剂量（每个样本2×10^5个流感B、2×10^4个SARS-CoV-2）或中剂量（高剂量的1:10）。通过Maxwell® RSC仪器使用Maxwell® RSC环境总核酸试剂盒进行总核酸纯化，并进行三次重复。每个洗脱液5μl进行A. GoTaq® Enviro废水SARS-CoV-2双靶标系统（E和N2）或B. GoTaq® Enviro RT-qPCR系统（Cat.# AM2010）与流感B型引物的扩增。
同样，Maxwell® RSC环境总核酸试剂盒和Maxwell® RSC仪器成功用于从PBS中采集的空气样本中纯化细菌DNA。纯化的DNA通过16S V3/V4宏基因组测序进行分析。加入微生物群体标准时，检测到预期的细菌物种和属（图2）。此外，一些文献中仅在空气样本中发现的细菌属，包括Acinetobacter、Brevibacterium、Brevundimonas、Corynebacterium、Dermacoccus、Enhydrobacter、Kocuria、Micrococcus、Pseudomonas、Rhizobium、Streptococcus，以及本研究中独有的Gardnerella、Nesterenkonia和Stenotrophomonas也在本研究中检测到。
从空气样本中纯化的细菌DNA的分类分布。空气样本使用Coriolis μ在PBS中采集，加入75μl ZymoBIOMICS™肠道微生物群标准进行加样。通过Maxwell® RSC仪器使用Maxwell® RSC环境总核酸试剂盒进行总核酸纯化。使用GoTaq®长PCR主混合物（Cat.# M4021）进行所有扩增步骤，并使用ProNex®尺寸选择性纯化系统（Cat.# NG2001）进行所有纯化步骤。测序文库的制备遵循Illumina 16S宏基因组测序文库制备指南，使用ProNex® NGS文库定量试剂盒（Cat.# NG1201）进行文库定量。文库标准化并合并，使用Illumina MiSeq仪器进行测序，并采用V3 600-cycle试剂盒。使用mothur（Schloss, P.D.等，2009）生物信息学数据处理软件对数据进行分析。

结论

结果表明，Maxwell® RSC环境总核酸试剂盒和Maxwell® RSC自动核酸提取仪成功地从通过Coriolis μ采集的空气样本中纯化了病毒RNA和细菌DNA。通过RT-qPCR检测确认了SARS-CoV-2和流感B型病毒的存在，而细菌DNA则通过宏基因组测序进行分析，揭示了空气样本中常见的细菌种类。                
本研究强调了Coriolis μ采样器在病原体检测中的应用潜力，并展示了分析方法的稳健性，预示着环境监测的前景。